训练
最近在跑对比试验,TransBTS感觉有点问题,跑出来的结果不太正常,他这个还默认使用分布式计算,我服了。明天看看效果。
准备跑3D UNET、TransBTS、mmformer,nnformer,rfnet这几个感觉就差不多够了。
今天下午牢蒋突然出现,吓人一跳,给同门发消息抓紧时间回来。晚上去之前买电源那个大叔那拿了线。他直接把他所有的模组线全给我了,看了下得有十来根。这得谢谢他,这一根线搞不好得十元钱呢。晚上跟室友一块去吃饭了。喝了我带的那个酒,感觉很不错。最近几天就是太热了,受不了。
昨天晚上下雨下得很大,但是到了今天一点积水都没有,感觉下水系统还是很可以的。就是下的太急了。
训练
把消融实验跑完了,以下是结果:
Model
Dice_ET
Dice_WT
Dice_TC
Sensitivity_ET
Sensitivity_WT
Sensitivity_TC
Specificity_ET
Specificity_WT
Specificity_TC
Hausdorff95_ET
Hausdorff95_WT
Hausdorff95_TC
nnUNet
0.73716
0.90297
0.38221
0.76966
0.9024
0.60403
0.99057
0.98712
0.95677
33.44588
7.47936
19.83174
EAB
0.74459
0.90641
0.39029
0.78645
0.90544
0.62394
0.99839
0.99518
0.96524
3.54292
4.54008
16.91987
DC
0.72449
0.90981
0.38356
0.77769
0.91199
0.60747
0.99862
0.99525
0.96485
3.35156
4.27039
16.6727
...
训练
感觉还是先把消融实验做完算了。最近在跑dc+mbtfe的。其他那些感觉也不重要,以前也有数据可以用。
至于那个回归模型,一开始是这样的:
昨天晚上直接是跑收敛了,收敛的有点吓人:(vscode里面的ts好糊,不知道是怎么显示的)
直接跑到底了,R方都快到1了。结果试了下验证,哈哈:
把验证集都处理了一下进行验证,结果是:
只能说很符合预期。一开始只能验证29个我还以为是bug,后来一看排行榜上都这样。那就这样吧,看着指标和排行榜上的也没有什么太大的差别,那就可以继续做下去了。
会议
下午开会,4个人有三个讲的一篇文章,有点难绷。牢蒋下周出差,又自由咯。
不过下下周要验收成果,今晚上先把spring boot那部分发给小迪,让他搞吧。
训练
今天继续训练消融实验。对比试验准备做一个3D UNet,一个TransBTS,STUNet,再加个mmformer感觉就差不多了。
预后预测这方面,又改了下网络,做了一个每多少Epoch保存模型,然后继续训练的功能。
这样需要保存优化器,所以模型大了不少。
现在可以使用tensorboard了。然后增加了其他几个指标可以查看性能。先跑着,感觉是不收敛,很烦。
其他
最近感觉好像学校里有些旅游团一样的。可能是有夏令营?听同学说有小学生来做哪种探险。也挺好的。不过今晚上菊园餐厅全关了。难受啊
训练
跑UNet,有点复杂,不行就用以前用过的数据算了。
昨天把孙梓钊师兄的代码改了下,用之前的jpg和xml,然后把网络最后一层改成单输出,做回归。MSE损失直接爆炸,也没有啥变好的意思。
感觉有点爆炸。然后下了他们19年的论文,看着好像他们也就这样了
这看着也是好几万。感觉不行的话还改成分类算了,改成分类20类。我看还有有论文写的直接分三类的。有点搞。
训练
今天看了下加三个的,感觉成了啊
下面是合并后的表格,以Markdown格式展示:
Model
Dice_ET
Dice_WT
Dice_TC
Sensitivity_ET
Sensitivity_WT
Sensitivity_TC
Specificity_ET
Specificity_WT
Specificity_TC
Hausdorff95_ET
Hausdorff95_WT
Hausdorff95_TC
plain-nnunet
0.73716
0.90297
0.38221
0.76966
0.9024
0.60403
0.99057
0.98712
0.95677
33.44588
7.47936
19.83174
eab-nnunet
0.74459
0.90641
0.39029
0.78645
0.90544
0.62394
0.99839
0.99518
0.96524
3.54292
4.54008
16.91987
DC
0.72449
0.90981
0.38356
0.77769
0.91199
0.60747
0.99862
0. ...
训练
今天结果终于出了,完啦。效果不咋样,另外为啥连STUNet也拉了。。。
另外,这个DC是有问题的,我第一折跑了两三百。等等重跑第一折试试。应该不会有这么高。
Label
Dice_ET
Dice_WT
Dice_TC
Sensitivity_ET
Sensitivity_WT
Sensitivity_TC
Specificity_ET
Specificity_WT
Specificity_TC
Hausdorff95_ET
Hausdorff95_WT
Hausdorff95_TC
MTBFE+EAB
0.74036
0.90398
0.38318
0.77477
0.90025
0.60437
0.99866
0.99542
0.96539
3.56547
5.34296
17.09767
DC
0.72449
0.90981
0.38356
0.77769
0.91199
0.60747
0.99862
0.99525
0.96485
3.35156
4.27039
16.6727
STUNet-Base
0.73345
0.9033
0.38989
...
训练
今天依然在跑nnUNet+EAB+MBTFE+DC的模型。看着每折验证集评估感觉还挺好的。希望能出点好结果吧。在线验证依然是没反应,服了。
今天从权哲那得到了孙梓钊师兄的网络,做生存预测,实际就是分类。下了个BraTS20的数据集,然后把数据集nii根据分割文件,提取出每个mri序列肿瘤最大的6张图象。然后根据分割文件还有提供的csv文档,有样学样的创建了xml文件。放里面训练,这分类都这么猛的吗,准确率都这么高,有点吓人。
另外,图还没画,今天一定要把图画了。随便跑跑这个,然后接着跑nnUNet吧。
训练
今天在线验证也还是没反应。服了,然后发现我还没做标签重映射。所以把EAB+MBTFE、STUnetBase和DC的三个出结果的重新做了下映射上传上去了。希望能快点。
汇报
周四要我们全部人汇报9月1号啥乱七八糟的,搞不明白。下午做了一下午PPT。晚上跟云龙一块讨论了下网络结构的问题,顺便把他的电脑硬盘换了。今天也就这样了。另外最近楼道里误入的鸟越来越多了。中午查了下应该叫灰椋鸟?
楼里有人搞了点坚果,不会还想在楼道里养鸟吧?截至现在我应该抓到放了有六七只了。希望它们不要再往这里跑了,抓它们看它们也挺害怕的。不抓随便来个人就在撞玻璃,难搞哦。
新一周的周一,今天下大雨,上午好不容易跑过来,下午又被同门叫到实验室。下着雨本来准备走过来,但是看公交车刚好来了,就花了5毛钱坐公交车。下车时侯不知道他不按站下车,我就到实验楼前面那个路口站在下站口了,结果那个司机直接停车了。导致我多走一个路口,也还好吧。声基吃饭时候跟他聊天,好像公交司机对这个学校里的差事不是很满意,好像挣的比较少。我倒是很奇怪为啥暑假了他们还不放假。以后有空可以多支持他们的工作。
刚到实验楼就在楼道里抓了个小鸟,放的时候看到保洁阿姨坐在那边休息,就跟她还有一个路过的同学聊了一下,这个鸟在我们实验楼楼道顶那个地方做了个窝,然后呢那个地方好像有个空隙,他们就可以跑进来,但是进来之后就出不去了。我这几星期已经放了好几只了。
到了实验室,几分钟就把他们的问题解决了。慧茹的🖊重新配对一下就好了,声基连不上服务器,先帮他把网段改成了192.168.1.1网段的,然后发现还是连不上,于是试了下我的电脑也是连不上。声基说他重启了一下服务器就连不上了。然后就跑到服务器跟前,发现是RDPWapper又被Windows Defender给GANK了。恢复后正常。
实验
既然来都来了, ...